В соответствии со статьей 30.2 Федерального закона от 27.06.2011 № 161-ФЗ «О национальной платежной системе» 100% акций Общества находятся в собственности Банка России, при этом обеспечено тесное взаимодействие между единственным акционером Общества (Банком России) и Обществом. К компетенции Наблюдательного совета Общества относится решение вопросов общего руководства деятельности Общества, в том числе ключевых и стратегических.
Генеральный директор и Правление осуществляют руководство текущей деятельностью Общества и обеспечивают своевременное исполнение решений единственного акционера и Наблюдательного совета АО «НСПК»..
Все органы управления АО «НСПК» действуют в рамках, которые определены Федеральным законом «Об акционерных обществах», Уставом Общества и соответствующими положениями.